Понятно что речь про последовательное включение двух 6S АКБ.
1 При параллельном соединении двух батарей можно цеплять смело как если бы ты цеплял к одной 6S батареи.
С точки зрения электроники для БЕКа разницы никакой: 3S1P-1000mah или 3S2P-1000mah.
2 При последовательном включении можно так же смело цеплять БЕК к одной АКБ.
Плюсы такого включения (против питания от полного напряжения):
-Если сначала цеплять плечо с припаянным БЕКом - борт включиться и проинициализируется до включения ESC.
-Можно подключить одну АКБ и настраивать вертушку не боясь получить ротором по кумполу
-Чем ниже входное напряжение, тем выше эффективность и надежность БЕКа
у того же CC-BEC-PRO при питании от 12S допустимые токи до 7А, а при питании от 6S - до 13A...
Разница в потреблении за один полет ничтожно мала ~ 50mah при питании от 6S батареи.
Я после полета проверял АКБ - заряд отличается на величину погрешности измерителей.
То есть не более, чем при другом способе питания борта.
Главное нужно понимать, что при питании только от одной батареи нужно следить за зарядом (хотя бы летать с включенной отсечкой

).
Если АКБ просядет очень низко то пропадет не только силовое но и бортовое питание
PS Ток не вода и в БЕК не затечет, даже если мотор будет "кушать" с регулятора 100 ампер.
PPS Летаю на 600ке с CC BEC PRO подключенным к одной батареи из двух последовательных 6S 2650mah...